Чувствительность и надежность метода

Хотя ПЦР-анализ имеет теоретическую чувствительность одной молекулы-мишени, на практике аналитическая чувствительность может составлять приблизительно от пяти до десяти молекул-мишеней провирусной ДНК.

Высокая чувствительность вложенной ПЦР может вызвать проблемы с ложно-положительными результатами из-за контаминации между образцами (Belak & Ballagi-Pordany, 1993). Для сведения этого к минимуму в рамках всего протокола принимается несколько специальных процедур, таких как использование ламинарных воздушных капотов, отдельных помещений для различных этапов процедуры, новых перчаток или использование специальных открывателей труб для каждого отдельного анализа и отрицательного контроля (например, водяные заготовки).