Учебно-методический комплекс дисциплины «Нуклеиновые кислоты»



жүктеу 7,52 Mb.
бет54/117
Дата28.09.2023
өлшемі7,52 Mb.
#43588
түріУчебно-методический комплекс
1   ...   50   51   52   53   54   55   56   57   ...   117
КОНСПЕКТЫ ЛЕКЦИЙ

7.2.2. Эксцизионная репарация
Центральное место среди систем репарации ДНК занимает система эксцизионной репарации, осуществляющая вырезание поврежденных нуклеотидов (nucleotide excision repair – NER) или азотистых оснований (base excision repair – BER). В результате сложного многостадийного процесса, в котором участвует несколько ферментов, происходит замена поврежденного участка двойной спирали ДНК на нативный. Процесс эксцизионной репарации условно можно разделить на следующие этапы: а) распознавание поврежденного участка ДНК; б) надрезание (инцизия) цепи ДНК по обеим сторонам поврежденного участка; в) его удаление (эксцизия); г) заполнение бреши в процессе репаративного синтеза; д) лигирование оставшегося одноцепочечного разрыва ДНК.
В зависимости от длины вырезаемого участка ДНК, содержащего повреждения, и образующейся бреши, заполняемой затем ДНК-полимеразами, различают short patch repair pathway и long patch repair pathway (репарация коротких и длинных ресинтезируемых трактов, соответственно).
Репарация путем удаления поврежденных азотистых оснований (BER)
Система BER отвечает за защиту геномной ДНК от повреждений, вызываемых главным образом алкилирующими агентами, а также эндогенными генотоксическими соединениями, включая внутриклеточные радикалы кислорода и другие реакционноспособные метаболиты.
BER начинает функционировать с отщепления поврежденного пуринового или пиримидинового основания от дезоксирибозы. Процесс происходит под действием ключевого фермента – ДНК-гликозилазы, обладающего способностью отщеплять большое число модифицированных оснований ДНК и их производных, образующихся под действием химических мутагенов. Удаление конкретных модифицированных оснований осуществляют разные ДНК-гликозилазы, обладающие различной специфичностью. ДНК-гликозилазы гидролизуют N-гликозидные связи между поврежденными или модифицированными азотистыми основаниями и остатками дезоксирибозы. Происходит удаление соответствующих азотистых оснований, в результате чего образуется АР-дезоксирибоза (apurinic/apyrimidinic deoxyribose) (рис. 7.4). Повреждения ДНК, связанные с появлением некодирующего апуринового/апиримидинового (AP) участка, менее опасны для клеток по сравнению с ошибочно кодирующими основаниями, приводящими к мутациям, поскольку AP-участки допускают осуществление пострепликативной репарации повреждений.
АР-дезоксирибоза далее вырезается с помощью двух ферментов. АР-лиаза освобождает ее 3'-конец, а АР-эндонуклеаза гидролизует ее 5'-концевую фосфодиэфирную связь в АР-сайте (рис. 7.4). Образовавшаяся после удаления АР-участка однонуклеотидная брешь затем заполняется с помощью ДНК-полимераз. У E. coli репаративный синтез ДНК выполняет ДНК-полимераза I, у эукариот – низкопроцессивная ДНК-полимераза β. Последний этап эксцизионной репарации, восстанавливающий целостность цепочки ДНК, осуществляется с помощью ДНК-лигазы, катализирующей "сшивание" однонитевого разрыва. Из трех ДНК-лигаз, которыми обладают клетки животных, в BER, по-видимому, участвует ДНК-лигаза III.

Рис.7.4. Основные пути и этапы эксцизионной репарации у животных.


Репарация путем удаления нуклеотидов (NER)


В системе NER поврежденные азотистые основания вырезаются в составе олигонуклеотидов. NER может осуществляться двумя путями. В первом случае происходит гидролиз фосфодиэфирной связи по 3'- или 5'-концу на некотором расстоянии от ошибочно спаренного (поврежденного) нуклеотида. Далее под действием 5'3'- (или 3'5'-)экзонуклеазы, гидролизующей цепь ДНК нуклеотид за нуклеотидом в соответствующем направлении от первоначального одноцепочечного разрыва в репарируемой ДНК, этот "неправильный" нуклеотид целиком удаляется. Образующаяся брешь далее заполняется ДНК-полимеразой (рис. 7.4). Такой механизм репарации реализуется в клетках E. coli и человека для вырезания неповрежденных (немодифицированных) ошибочно спаренных нуклеотидов. Механизм последовательного эндо- и экзонуклеазного расщепления ДНК не используется для удаления поврежденных (измененных) нуклеотидов. Это связано, по-видимому, с тем, что такие нуклеотиды (например, возникшие в результате образования аддуктов с мутагенами) часто являются ингибиторами экзонуклеаз.
Второй механизм эксцизионной репарации функционирует благодаря использованию ферментной системы, которая вносит одноцепочечные разрывы по обе стороны от поврежденного нуклеотида на некотором расстоянии от него и затем удаляет одноцепочечный фрагмент ДНК, содержащий измененный нуклеотид. Такой механизм репарации обнаружен у всех исследованных видов животных. После распознавания поврежденного участка ДНК происходит двойное надрезание (инцизия) цепи ДНК по обеим сторонам поврежденного участка и его удаление (эксцизия). В универсальном механизме эксцизионной репарации как прокариоты, так и эукариоты гидролизуют 3 – 5-ю фосфодиэфирную связь с 3'-конца от повреждения (см. рис. 7.4). При этом прокариоты гидролизуют также 8-ю связь от 5'-конца измененного нуклеотида, тогда как у эукариотических организмов происходит одноцепочечный разрыв на расстоянии 21–25 нуклеотидов от повреждения со стороны его 5'-конца. Таким образом, прокариоты удаляют измененный нуклеотид в составе 12–13-членных олигомеров, тогда как эукариоты – в составе одноцепочечных фрагментов ДНК длиной в 27–29 нуклеотидов. Ферментная система, вносящая такие двойные одноцепочечные разрывы, получила название эксцизионной нуклеазы (эксцинуклеазы).
Образующаяся в молекуле репарируемой ДНК одноцепочечная брешь далее застраивается с помощью ДНК-полимеразы. Репаративный синтез ДНК у человека может осуществляться с участием ДНК-полимераз δ и ε и является PCNA-зависимым. PCNA связывается с системой праймер–матрица под действием фактора репликации RFC, откуда следует, что последний также участвует в репаративном синтезе ДНК. Лигирование оставшегося одноцепочечного разрыва ДНК осуществляется ДНК-лигазой, которая восстанавливает фосфодиэфирную связь.
Помимо поврежденных (модифицированных) оснований ферментная система NER человека распознает и удаляет одиночные ошибочно спаренные нуклеотиды, а также петли длиной в 1–3 нуклеотида. Однако NER не может распознать, нуклеотид какой цепи ДНК оказывается правильным. В результате происходит вырезание неповрежденных неспаренных нуклеотидов из любой цепи случайным образом. Но при распознавании поврежденных нуклеотидов NER человека способна различать цепи ДНК. В частности, при наличии в ДНК димеров тимина циклобутанового типа вырезание нуклеотидов происходит исключительно из поврежденной цепи. Механизм такого распознавания поврежденных участков ДНК и самих поврежденных оснований в настоящее время неизвестен. Следует заметить, что система NER способна распознавать повреждения, как сильно, так и слабо деформирующие вторичную структуру ДНК.

жүктеу 7,52 Mb.

Достарыңызбен бөлісу:
1   ...   50   51   52   53   54   55   56   57   ...   117




©g.engime.org 2024
әкімшілігінің қараңыз

    Басты бет
рсетілетін қызмет
халықаралық қаржы
Астана халықаралық
қызмет регламенті
бекіту туралы
туралы ережені
орталығы туралы
субсидиялау мемлекеттік
кеңес туралы
ніндегі кеңес
орталығын басқару
қаржы орталығын
қаржы орталығы
құрамын бекіту
неркәсіптік кешен
міндетті құпия
болуына ерікті
тексерілу мемлекеттік
медициналық тексерілу
құпия медициналық
ерікті анонимді
Бастауыш тәлім
қатысуға жолдамалар
қызметшілері арасындағы
академиялық демалыс
алушыларға академиялық
білім алушыларға
ұйымдарында білім
туралы хабарландыру
конкурс туралы
мемлекеттік қызметшілері
мемлекеттік әкімшілік
органдардың мемлекеттік
мемлекеттік органдардың
барлық мемлекеттік
арналған барлық
орналасуға арналған
лауазымына орналасуға
әкімшілік лауазымына
инфекцияның болуына
жәрдемдесудің белсенді
шараларына қатысуға
саласындағы дайындаушы
ленген қосылған
шегінде бюджетке
салығы шегінде
есептелген қосылған
ұйымдарға есептелген
дайындаушы ұйымдарға
кешен саласындағы
сомасын субсидиялау