Лабораторная работа №1 Методы и программы визуализации результатов атомного моделирования

жүктеу 108,5 Kb.

бет	4/4
Дата	09.12.2022
өлшемі	108,5 Kb.
	#40532
түрі	Лабораторная работа

1 2 3 4

Лабораторная работа №1 - Визуализация - Методич..

5. Контрольные вопросы
6. Требования к содержанию и оформлению отчета

4 Упражнения

Приведенные ниже упражнения рассчитаны на освоение основных функций программы визуализации на примере просмотра нескольких атомных систем, создаваемых вручную и с помощью программ построения.

4.1. Просмотр изображения готовой атомной системы и манипуляция им

Запустить программу RasMol (файл «raswin_2_7_3_ru.exe»). Открыть файл «Sample_1_GB.pdb». Просмотреть содержимое файла, открыв его в текстовом редакторе.

Рассмотреть изображение системы в режимах «Spacefill», «Ball&Stick». Рассмотреть его со всех сторон, используя манипуляции мышью. С помощью команд RasMol изменить цвет фона, представления двух сортов атомов, размеры атомов и другие параметры изображения. Используйте команды «Background», «Colour», «Rotate», «Select», «Spacefill», «Write», «Zoom» и др. В одном из положений объекта визуализации сохранить изображение в графическом формате и использовать для отчета.

4.2. Создание PDB файла для визуализации произвольной системы из двух типов атомов

С помощью текстового редактора создать файл с расширением .PDB, набрать в нем в одном из двух форматов строки для преставления произвольной системы из 3-4 атомов двух или 3 сортов (возможна визуализация реальных молекул на выбор). Визуализировать эту систему и привести в отчете распечатку содержания PDB файла и изображением системы.

4.3. Визуализация сложной атомной системы

Открыть PDB-файлы, содержащие вакансию, дислокацию, границу зерна. Визуализировать дефекты, изучить их и дать описание в отчете. В отчете привести рисунок объектов в наиболее выгодной перспективе.

4.4. Построение карт поля упругих напряжений дислокации

Программа RasMol может быть использована для построения карт напряжений по результатам расчета с помощью атомного моделирования. Большинство программ моделирования позволяет рассчитывать все 6 независимых компонентов локальных напряжений, действующих на каждый атом. Для построения карты напряжений весь интервал рассчитанных значений напряжений делится на некоторое количество n подинтервалов: ( ,₁), (₁, ₂),…, (_n_-1, _n), (_n, ). Атомам, напряжение на которых относится к одному и тому же подинтервалу, присваивается одно и то же название элемента, с которым они записываются в файл PDB. Затем при визуализации каждому элементу присваивается свой цвет или градация серого цвета, а размер атомов выбирается так, чтобы они заполняли все пространство без пустот. В результате каждая область, в которой напряжения относятся к одному интервалу, окажется окрашенной в один цвет.

В папке имеются следующие файлы:
- «str.out» - файл содержащий координаты атомов и напряжения;
- «str_scl.txt» - файл, в котором приведены значения напряжений ₁, ₂,…, _n_-1, _n, разделяющие напряжения на интервалы;
- «str_vis.exe» - программа, создающая PDB-файл «viz.pdb», содержащий карту напряжений;
- «script» - скрипт программы RasMol для визуализации карты напряжений;
- «markers.pdb» - PDB-файл, являющийся маркером значений интервалов напряжений.

5. Контрольные вопросы

Роль программ визуализации атомных систем.
Основные команды программы RasMol для манипуляции изображением.
Формат PDB-файла.

6. Требования к содержанию и оформлению отчета

Отчет должен быть оформлен в виде DOC-файла и должен содержать:

- краткая теория;
- постановка задач;
- ответы на контрольные вопросы;
- рисунок объектов с описанием для каждого упражнения;
- выводы.

жүктеу 108,5 Kb.

Достарыңызбен бөлісу:

1 2 3 4