Лабораторная работа №1 Методы и программы визуализации результатов атомного моделирования

Формат PDB был установлен Брукхавенской национальной лабораторией в США в 1971 г. для архивирования структур молекул (The Protein Data Bank). Структура файла содержит полную информацию о молекулах. Однако для визуализации кристаллов может быть использована значительно более простая структура файла.

В нескольких первых строках файла записывается количество атомов в системе и другая дополнительная информация, не считываемая программой (эти строки могут отсутствовать). Все последующие строки содержат информацию об отдельных атомах (одна строка на каждый атом). Строка начинается с записи HETATM. Следующие 5 позиций отводятся для порядкового номера атома в файле, причем заполнены должны быть правые позиции. Затем, с пропуском двух позиций, печатается название элемента, присвоенное атому (для этого отводятся две позиции, заполняемые слева). Затем оставляется 15 пробелов, и печатаются три координаты атомов (на каждую отводятся 8 позиций, три на дробную часть, одна на десятичную точку, эти позиции заполняются справа). Пример заполнения PDB файла приведен ниже:

3
Sample system

Аналогично первому случаю, в нескольких первых строках могут быть записаны число атомов и другая дополнительная информация. Строки, содержащие информацию об атомах, имеют следующий формат: 1-6 позиции – HETATM; 7-14 позиции – номер атома (занимаются начиная справа); 24-я позиция – тип атома; 4 пробела; три координаты по 8 позиций (3 на дробную часть, одна на десятичную точку и четыре на целую часть). Пример такого формата файла приведен ниже:

Sample PDB file