ChemBio
Draw бағдарламасында құрылымдық химиялық
формулаларды салу
ChemBioOffice интеграцияланған бағдарламалық құралдың бір
компоненті болып табылатын ChemBioDraw бағдарламасы молекулалық
құрылымдарды екі
-
өлшемді бейнелеуге арналған және екі
-
өлшемді
химиялық редакторларға жатады. Ол жазықтықта кез келген күрделілікте
молекулалық құрылымдарды бейнелеуге, реакция теңдеулерін жазуға,
молекулаларды атап, ChemBio3D үш
-
өлшемді модельдеріне айналдыруға
мүмкіндік береді.
5
.
1-C
уретте бағдарламаның жұмысшы терезесі көрсетілген.
5
.1
-
cурет. ChemBioDraw Ultra бағдарламасының жұмысшы терезесі
Экранда көрсетілген барлық элементтерді келесідей бөлуге болады:
•
Негізгі меню:
•
Негізгі панель:
Негізгі панельдің ең маңызды элементтеріне шолу
.
Молекулалық құрылымдарды көрсететін терезенің масштабын өзгерту
(Zoom) батырмаларының көмегімен жүзеге асырылады.
Белгіленген нысандарды алға/артқа қарай әкелу үшін
батырмаларын (Bring to front/send to back).
Structure батырмасындағы (Atom properties) атомдардың қасиеттері
көрсетілген менюді ашады. Structure (Bond properties) батырмасы
байланыстар үшін ұқсас менюді ашады.
20
View (Analyze) батырмасы молекулалардың әртүрлі сипаттамаларын
көрсететін Analyze Structure (Құрылымының анализі) терезесін ашады (
5
.2
-
сурет).
5
.2
-
сурет. Молекула құрылымының анализі
батырмасы (Check structure) белгіленген молекулалық құрылымда
қателіктердің болуын, ал
батырмасы (Clean structure) молекуланың
кәдімгі байланыстар ұзындықтарына және бұрыштарына сәйкестігін
көрсетеді. Егер сәйкестік болмаса (әсіресе молекула қолдан салынған болса),
құрылымы тиісінше өзгертіледі.
Негізгі панельдің басқа батырмалары шрифт, оның үлкендігін, әріптер
стилін, жоғарғы және төменгі индексацияны өзгетуге арналған.
Айта кететін тағы бір маңызды функциясы
–
бұл сыртқы түрі бойынша
молекулаларға атау беру мүмкіндігі. Молекуланы таңдап, негізгі менюдегі
Structure (Структура)/Convert Structure to Name (құрылымды атауға
айналдыру) пунктты таңдау керек. Аздаған кідірістен кейін бағдарлама
молекуланың атауын береді, мысалы, 1
-
хлор
-3-
метилбензол. Кейде күрделі
химиялық құрылымдарға атау беру қиын болады, осы кезде ChemBioDraw
көмектеседі.
Кері операцияны
–
атауын құрылымға айналдыруды (Convert Name to
Structure) негізгі менюдегі Structure (Структура) пункты арқылы ашуға
болады. Мысалы, (3
-
бром
-
фенил)
-
фенилметанон (ағылшынша дұрыс
жазылған) келесі түрде бейнеленеді (
5
.3
-
сурет):
21
5
.3
-
сурет. Кері операцияны
–
атауын құрылымға айналдыру
Атауын құрылымға айналдырудан кейін осы және басқа молекулалық
құрылымдарды ChemBioDraw
-
дан көшірме жасау арқылы ChemBio
3D-
ға
айналдыруға болады.
Бақылау панелінің маңызды элементтеріне шолу
.
Бақылау панелінің көмегімен молекулалық құрылымдары салу жүзеге
асырылады.
•
батырмалары (Selection) салынған молекулаларды немесе
олардың фрагменттерін лассо немесе тіктөртбұрыш көмегімен
белгілеуді жүзеге асырады.
•
(Eraser) батырмасы атомдарды/байланыстарды жояды.
•
(
Bonds) батырмалары байланыстарды қосу үшін арналған (атаулары
химиялық түрі бойынша емес, көрініс түрі бойынша келтірілген):
бірлік/пунктирлі/пунктирлі кең/пунктирлі кең тарылатын/қалың/қалың
тарылатын/бос тарылатын/бағытталған/ирек.
•
(Text) батырмасы мәтінді енгізуге арналған. Шрифт
параметрлері мен индексация негізгі панельдің көмегімен реттеледі.
•
(Pen) батырмасы векторлық графиканы салу тәртібін іске
қосады: тегіс сынық сызық.
•
Әртүрлі бағдаршаларды енгізу
(Arrow) батырмасының
көмегімен жүзеге асады (
5
.4
-
сурет).
•
батырмасы (Orbital) әртүрлі электронды орбитальдарды салуға
мүмкіндік береді (
5
.5
-
сурет).
•
(Drawing Elements) батырмасы әртүрлі сурет салу элменттерін
ашады: жақша, жалпық фигуралар, сызықтар, т.б. (
5
.6
-
сурет).
•
(Chemical Symbols) батырмасы арнайы химиялық символдарды
(иондар зарядтары, радикалдар белгілері, т.б.) (
5
.7
-
сурет).
22
•
(Arc) батырмасы бұрыштары әртүрлі доғалар салады: бүтін және
пунктирлі (
5
.8
-
сурет).
5
.4
-
сурет. Әртүрлі бағдаршаларды енгізу терезесі
5
.5
-
сурет. Әртүрлі электронды орбитальдарды салу терезесі
5
.6
-
сурет. Жақша, жалпық фигуралар, сызықтар салу терезесі
5
.7
-
сурет. Химиялық символдарды салу терезесі
5
.8
-
сурет. Бұрыштары әртүрлі доғалар салу терезесі
•
батырмасы (Atom
-
to
-
Atom mapping) молекулалардың реакциялық
орталықтарының сәйкестігін көрсетеді. Тек бір сатылы реакциялар ғана
қарастырылады.
•
батырмасы (Templates) дайын үлгілердің контексті менюін ашады:
амин қышқылдары, ароматты циклдер, бициклдер, конформерлер, т.б.
Олардың барлығы уақытты үнемдеу үшін қызмет етеді (
5
.9
-
сурет).
23
5
.9
-
сурет. Дайын үлгілердің контексті менюі
•
батырмасы (Acrylic Chain) буындар саны берілген тізбекті береді.
•
батырмалар қатары (Rings) циклоалкандар мен ароматты
сақиналарды пайдалануға мүмкіндік береді.
Достарыңызбен бөлісу: |