Учебно-методический комплекс дисциплины «Нуклеиновые кислоты»

Параметры A-, B-, и Z-ДНК

жүктеу 7,52 Mb. бет 15/117 Дата 28.09.2023 өлшемі 7,52 Mb. #43588 түрі Учебно-методический комплекс

Навигация по данной странице:

• Конформационные переходы двойной спирали

Параметры A-, B-, и Z-ДНК Тип спирали A B Z Тип и ориентация спирали Правая регулярная Правая регулярная Левая бирегулярная Форма спирали Широкая Средняя Узкая Диаметр спирали 25.5 Å 23.7 Å 18.4 Å Шаг спирали 25.3 Å 35.4 Å 45.6 Å Число оснований на виток 11 10.4 12 (6х2) Расстояние между парами оснований 2.3 Å 3.4 Å 3.8 Å Наклон оснований 19° 1° 9° Угол спирального вращения 32,7° 36° -60° Ориентация гликозидной связи и конформация сахара анти- C3'-эндо- анти- C2'-эндо- анти-, син- чередующаяся Главный желобок Узкий, очень глубокий Широкий, достаточно глубокий Плоский Минорный желобок Очень широкий, мелкий Узкий, достаточно глубокий Очень узкий, глубокий Конформационные переходы двойной спирали При изменении условий окружающей среды, например концентрации соли и степени гидратации, могут осуществляться взаимные переходы между формами ДНК. Конформационный переход между В- и А-формами ДНК происходит при увеличении концентрации спирта в водно-спиртовых растворах. При дегидратации В-формы образуется правозакрученная А-форма ДНК, содержащая в одном витке 11 остатков. Этот переход не сопровождается заметным изменением поглощения ДНК, и его удобнее всего регистрировать по изменению спектра кругового дихроизма в ближней ультрафиолетовой области или по согласованным изменениям всех торсионных углов. В левоспиральную Z-форму легче всего переходит полинуклеотид poly(dG–dC). Переход poly(dG–dC) из B- в Z-форму наблюдается при высокой концентрации ионов натрия (2,4 М) или при добавлении некоторых двухвалентных ионов. Процесс превращения правой спирали B-ДНК в левую спираль Z-ДНК протекает, по-видимому, с сохранением общей спиральной структуры и не связан с расхождением цепей. Переход индуцируется разрывом водородных связей в нескольких парах оснований, после чего гуанин "закрепляется" в син-конформации, а дезоксицитидин поворачивается как целое (при таком повороте анти-конформация сохраняется). Затем водородные связи восстанавливаются, и основания вновь образуют уотсон-криковские пары. Это означает, что полного расхождения цепей не требуется, и область В–Z-перехода перемещается вдоль спирали в виде небольшой петли. Термодинамические исследования показали, что переход В–Z кооперативен. Это означает, что, если в двойной спирали В-ДНК образуется зародыш Z-формы, он индуцирует В–Z-переход в соседних парах и, таким образом, разрастается по полинуклеотидной цепи. Образование Z-ДНК может стимулироваться не только добавлением в раствор соли, но и отрицательной суперспирализацией в кольцевой замкнутой ДНК. Было показано, что под действием отрицательной сверхспирализации участки с последовательностями d(CG)n могут переходить в Z-форму при обычных ионных условиях. жүктеу 7,52 Mb. Достарыңызбен бөлісу:

©g.engime.org 2024
әкімшілігінің қараңыз