1731 ж. – Xixғ. екенші жартысы. XVIII ғасырдың 20

Қазіргі тарих ғылымында орныққан бұл тұжырымды әуел баста көтерген ғалым сегіз жыл әуре-сарсаңға түсіп, ақыры бір жарым жылын ГУЛАГ абақтысында өткізді. Бекмахановтың саналы ғұмырының он екі жылдық сергелдеңіне кейбір отандық тарихшылар да «үлес» қосты.

Республика басшылығы «ұлтшыл» Бекмахановты қатаң айыптай отырып, осынау «ұлтшылдықты жөргегінде тұншықтырмаған» сол кезде Қаныш Сәтбаев басқарған Қазақ ССР Ғылым академиясын аяусыз сынады.. Соның нәтижесінде Бекмаханов қана емес, басқа да ұлтшылдар «табыла қалып», қазақ әдебиетінің тарихын зерттеуші Есмағамбет Ысмайылов, Қажым Жұмалиев, т.б. ғалымдар да сотталды. Ал Қаныш Сәтбаев Мәскеуге кетуге мәжбүр болды. Қамауға алу туралы сөз бола бастағанда КГБ офицерлерінің бірінің астыртын жанашырлық ескертуінен кейін Мұхтар Әуезов те табан астында Мәскеуге ұшып кетті.

Бекмахановтың еңбегінде Кенесары Қасымұлы бастаған қозғалыстың «феодалдық-монархиялық қозғалыс» деп аталмай, қазақ халқының ұлт-азаттық көтерілісі ретінде қарастырылуынан шыққан даудың соңы қазақ ғалымдарының осылайша тағы да жаппай қуғын-сүргінге ұшырауына әкеліп соқты. Қазақ ғылымын үрей биледі. «Кенесары Қасымов бастаған ұлт-азаттық көтеріліс» деп аталатын тарауы тарихшы Бекмахановтың үлесіне тиген кітап осылайша алғаш рет талқыға түсті. Алайда бұл жиында жеңгендер де, жеңілгендер де болған жоқ. Тарле, Яковлев, Бушуев сынды ғалымдар «Қазақ ССР-інің тарихы» Ресейге қарсы ұлттық көтерілістерді дәріптеген, орысқа қарсы жазылған кітап»деп бағаласа да, жалпы алғанда мүлде теріске шығарылмады, тіпті кей тұстарда жоғары бағаланды. Қалай болғанда да, институт бұл жөнінде қандай да бір баға беретін қаулы да қабылдамады. Алайда осы кезде айтылған ішінара сындарды қазақтың кей ғалымдары ұмытпай, кейін де ұрымтал тұста пайдаланып отырды.

Аталған кітаптағы тарауды әрі қарай жетілдіріп, іргелі ғылыми еңбекке айналдырған Бекмаханов 1943 жылғы маусымның 28-і кандидаттық диссертациясын қорғады. Бір жылдан соң «Қызыл Ту» орденімен марапатталды. 1946 жылы күзде «ХІХ ғасырдың 20-40 жылдарындағы Қазақстан» деп аталатын монографиясын аяқтап, СССР ҒА ғылыми кеңесіне ұсынды. Сөйтіп қазақтан шыққан тұңғыш тарих ғылымының докторы 1947 жылы аталған еңбегін жеке монография етіп шығарды. Осы сәттен бастап «тұңғыш доктордың» жолына түрлі тосқауылдар қойылып, «кітапта идеялық қате кеткен», «басқа ғалымның еңбегінен көшірілген» деген қисынсыз айып тағыла бастады.